1. 收集與初步處理

畜禽糞便收集后，通常需要進行初步處理，去除大顆粒雜質和不適合發酵的物質（如塑料、石塊等）。

2. 預處理與粉碎

畜禽糞便往往含水量較高，在進入發酵設備之前需要進行適當的預處理。

3. 發酵過程

發酵是有機肥生產的核心過程。發酵設備通常包括好氧發酵和厭氧發酵兩種類型，具體選擇取決于不同的生產需求和糞便的種類。

4. 溫度控制與殺菌

發酵過程中，發酵設備通過內置的溫度控制系統自動調節溫度，確保有效的殺菌過程。

5. 翻堆與通氣

翻堆設備可以定期將發酵物料翻轉，促進物料與空氣的接觸，避免局部缺氧或過熱，保證發酵過程的均勻進行。

6. 發酵結束后的處理

經過一定時間的發酵（一般為幾天至幾周），糞便中的有機物質已經被微生物分解成腐殖質，發酵物料變成了有機肥。這時，可以通過篩分設備將肥料中的大顆粒物質去除，得到細膩的有機肥產品。

7. 包裝與儲存

最終的有機肥產品可以通過自動化包裝系統進行包裝，方便銷售和使用。